O Museu de São José de Anchieta apresenta um circuito de visita com duas partes distintas mas complementares: o percurso monumental e a exposição permanente: a área dedicada à vida e obra de São José de Anchieta, Companhia de Jesus, arqueologia e a igreja, Capela do Santíssimo e o Quarto do Santo.

O acervo do Museu procede maioritariamente da região de Anchieta, da igreja de Nossa Senhora da Assunção, mas também das escavações arqueológicas do sítio Reritiba, tendo sido enriquecido ao longo dos anos com doações pontuais e aportes de jesuítas diversos, totalizando milhares de peças de arqueologia, escultura, ourivesaria, joalharia, pintura, cerâmica, têxteis e mobiliário.